Природный заповедник Лукубе расположен в юго-восточной части острова Нуси Бе. Лукубе является одним из немногих мест, где сохранились девственные леса Самбирано. Здесь можно увидеть черных лемуров и самых маленьких в мире хамелеона и лягушку.
На территории парка Bemaraha (Бемараха), расположенного на западе острова Мадагаскар, находятся знаменитые цинги — массивные известняковые образования, одни из самых впечатляющих естественных пейзажей не только на Мадагаскаре, но и в мире.
Национальный парк Бухта Бали расположен на северо-западе острова Мадагаскар и включает в себя две экосистемы — прибрежную и морскую. Это единственная зона обитания клювогрудой черепахи и мадагаскарского орлана-рыболова. Оба вида находятся на грани вымирания.
Национальный парк Ankarana расположен на севере Мадагаскара. Вся территория парка является выходом известняковой породы из базальтовой равнины и находится на высоте 50 м над уровнем моря. Эрозия карстовой поверхности за тысячи лет образовали причудливые формы — цинги.
Национальный парк Ankarafantsika расположен на северо-западе острова Мадагаскар и представляет собой мозаику из лесов различного типа. Парк известен своими озерами, последними убежищами для многих видов птиц. Здесь также обитает несколько видов лемуров.
На территории парка Andringitra (Анджингиджа) находится пик Буби - одна из самых высоких вершин на острове. Горные склоны, защищенные массивными скалами, обеспечивают исключительное биологическое разнообразие и высокую концентрацию эндемиков.
Национальный парк Andohahela (Андухахела) расположен на юго-востоке острова Мадагаскар и включает в себя зону перехода от влажных тропических лесов востока до засушливых полупустынь юга.